Гербарій зберігається за такою структурою: науковий гербарій, навчальний гербарій, обмінний фонд.
Науковий гербарій включає такі відділи:
– фондовий гербарій найширше представлений рослинами із західного регіону України, а також рослини Карпат, Криму, Нікітського ботанічного саду. Крім того, фондовий гербарій частково представлений судинними рослинами, що є документальним підтвердженням складу флори та розповсюдження її видів на тій чи іншій території (Росія, Польща, Білорусія, Грузія, Болгарія тощо);
– регіональних флор: заповідника "Медобори", Голицького ботаніко-ентомологічного заказника, Кременецьких гір;
– фондових авторських колекцій (Б. Заверухи, В. Шиманської, С. Зелінки, Н. Мшанецької).
Науковий гербарій використовується при виконанні студентами та викладачами наукових робіт. Щорічно на кафедрі виконуються курсові, дипломні та магістерські роботи з ботаніки, що передбачають, крім виготовлення гербарію, опрацювання наукової гербарної колекції. Поступово гербарій набуває все більшого значення при підготовці майбутніх вчителів біології. Гербарієм користуються вчителі біології середніх загальноосвітніх шкіл, гімназій, ліцеїв, коледжів та спеціалісти з екології та охорони навколишнього середовища.
Навчальний гербарій включає морфологічну та систематичну колекції, які постійно використовуються на лекціях та при проведенні лабораторно-практичних занять з анатомії і морфології рослин, систематики рослин, декоративної дендрології та спецкурсів з біологічних дисциплін.
Обмінний фонд гербарію функціонує для обміну з гербаріями кафедр інших навчальних закладів та науково-дослідних установ України. Обмінний фонд гербарної колекції утворений в результаті тісної співпраці кафедри з іншими науковими установами держави –– Інститутом ботаніки ім. М. Г. Холодного НАН України, Київським національним університетом ім. Тараса Шевченка, Ужгородським та Львівським національними університетами тощо.